Désireux de rétablir la paix à Rome, Alexandre VI laisse à Della Rovere son cardinalat, apaisant ainsi les alliés de celui-ci. Enceinte, Lucrezia quitte le cloître.Juan est assassiné en pleine rue. Bien qu'il soit considéré comme le principal suspect, Cesare dirige les investigations. Ébranlé, Alexandre jure d'écouter ce signe que Dieului envoie et d'éradiquer une fois pour toute la corruption de l'Église. Cesare persuade son père de le laisser renoncer au cardinalat afin de pouvoir bâtir son empire Borgia en tant que soldat.