À la suite d'une tentative de Jérémie pour faire apparaître Aelita, le programme qui gère la jeune fille virtuelle se bogue : si cette dernière désactive une tour, elle disparaît purement et simplement de Lyokô ! Une course contre la montre commence pour Jérémie, qui doit absolument réparer le programme avant la prochaine attaque de XANA. Mais le supercalculateur passe à l'action, envoyant des ultrasons destructeurs qui provoquent l'effondrement du collège et menacent la vie d'Odd. Le sacrifice d'Aelita devient inévitable...