La matérialisation d'Aelita est un succès. Il est temps de désactiver définitivement XANA ! Mais alors que Jérémie va passer à l'action, étrangement, Aélita s'évanouit. La destruction du supercalculateur est interrompue et, après enquête, Jérémie découvre avec effroi qu'Aélita est victime d'un virus : un programme qui la lie à XANA ! Si ce dernier était détruit, Aelita le serait sans doute également. Aelita doit donc retourner sur Lyokô, le temps que Jérémie trouve le programme qui anéantit ce virus.