Episode 1 : Juan Borgia rentre d'Espagne en apportant à son père la nouvelle de la mort de Pedro Luis. Terrassé par la mort de son fils, le cardinal Borgia réunit immédiatement ses enfants, Juan, pétri d'orgueil et paresseux, Cesare, un jeune homme déchiré entre une foi qu'il n'a pas choisi et sa nature sombre et violente, et Lucrezia, une jeune fille découvrant le pouvoir mystérieux de la sexualité féminine. Il promet à Lucrezia de la marier bientôt, annonce à Juan qu'il deviendra duc de Gandie et à Cesare qu'il sera nommé évêque de Valence...
Episode 2 : Le pape Innocent VIII tombe dans le coma alors qu'une fièvre mortelle sévit à Rome. Les fiançailles de Lucrezia sont annulées afin de l'unir à un comte plus fortuné. Les adversaires de Borgia, Della Rovere et Colonna, échafaudent déjà des plans en vue du conclave. Mais le pape sort du coma et modifie encore une fois son testament, ce qui provoque la fureur de Rodrigo Borgia. Lorsque le pape s'effondre en pleine messe, on convoque une armada de médecins à son chevet, mais il n'y a plus rien à faire. Le pape meurt, et Rome est en proie au chaos...