Année 2199. L'humanité vit ses derniers jours. La puissante flotte de la planète Gamilas envoie des astéroïdes radioactifs s'abattre sans relâche sur la surface de la Terre, la rendant inhabitable. Les survivants se sont réfugiés dans de vastes cités souterraines, mais les radiations s'enfoncent toujours plus profond, et il n'y aura bientôt plus de refuge possible pour l'espèce humaine. Le vaisseau spatial Yamato est le dernier espoir pour retrouver une machine de décontamination qui pourrait sauver la Terre du triste sort qui l'attend.