2025 : 15 ans après avoir chassé les extra-terrestres de la surface de la Terre, Shinichi Ichikawa, plus connu sous le nom de Zebraman, se réveille amnésique. Il découvre que le maire de Tokyo, désormais baptisé Zebra City, a pacifié la métropole en instaurant une nouvelle loi : le Zebra Time. Chaque jour durant 5 minutes, les habitants peuvent assouvir leurs pulsions sous la surveillance de la police. Zebraman réalise cependant que la réalité est moins idyllique qu'il n'y paraît et que le maire et sa fille, la vénéneuse Zebra Queen, nourrissent de noirs desseins. Mais pourra-t-il les arrêter ?