Toujours considérés comme des monstres par une société qui les rejette, les mutants sont une nouvelle fois au centre des débats alors qu'un crime effroyable commis par l'un d'eux relance la polémique autour de l'Acte d'Enregistrement des Mutants et le mouvement anti-mutants, dirigé par l'ancien militaire William Stryker. Quand ce dernier lance une attaque contre l'école de mutants du Professeur Charles Xavier, les X-Men se préparent à une guerre sans merci pour leur survie, aidés de Magnéto, récemment évadé de sa cellule de plastique. Parallèlement, Wolverine enquête sur son mystérieux passé, auquel Stryker, dont on dit qu'il a mené de nombreuses expériences sur les mutants, ne serait pas étranger...
Prenez un jeune réalisateur en vogue, auteur du succès du premier volet de la Saga X-Men. Ajoutez à l'action déjà présente un zeste d'humour et de réflexion et vous obtiendrez un film de grand spectacle supporté par un scénario de poids. Deuxième volet très attendu des aventures de nos super-héros, le cinéaste Bryan Singer ajoute de nouveaux personnages articulés autour d'effets spéciaux à faire rougir Matrix, et donne une impulsion nouvelle au cinéma fantastique.