Révélé dans les années 60 par la série Flipper, l'ex-dresseur de dauphins Richard O'Barry est aujourd'hui un défenseur acharné des cétacés. A Taiji, au Japon, il se mobilise contre le massacre de plusieurs milliers de dauphins par an, perpétré à l'abri des regards. Avec l'équipe de l'Oceanic Preservation Society, O'Barry entreprend de révéler la vérité sur Taiji au monde entier. Malgré l'hostilité de la police locale et des pêcheurs, O'Barry et ses complices réunissent une équipe de choc : cadreurs et preneurs de sons sous-marins, spécialistes d'effets spéciaux, océanographes et plongeurs en apnée réputés. Tous se lancent dans une opération secrète destinée à rapporter des images de la petite baie isolée pour un documentaire choc.