Situé dans les confins éloignés de l'espace, le Fort Casey, une base de la Fédération, est attaqué par les Arachnides de la planète Klendathu, ennemis mortels de l'humanité. L'équipe de Roughneck K-12, sous les ordres du Caporal Henry « Hero » Varro, met tout en oeuvre pour les repousser. Pendant ce temps, le vaisseau John A. Warden, amarré à Fort Casey, évacue les survivants. Mais le Warden dévie de sa route pour entamer une mission secrète avant de disparaître mystérieusement. Les Troopers d'Alpha 1 et de K-12 s'embarquent dès lors dans une mission de sauvetage, qui pourrait bien se transformer en quelque chose de beaucoup plus périlleux...