John Rain est un des tueurs à gages les plus habiles et les plus mystérieux de Tokyo. Employé par le Yakuzas et parfois même par le gouvernement, il n'a jamais manqué ses cibles. Ses méthodes consistent à transformer ses meurtres en morts naturelles. Pour le directeur de la CIA au Japon, William Holtzer, Rain est devenu l'ennemi public n°1, l'homme à abattre. A la suite de son dernier contrat, Rain va s'éprendre de la fille de sa victime. Il va alors transgresser toutes ses règles de conduite, pour la protéger et ainsi éviter qu'elle ne devienne un dommage collatéral dans cette chasse à l'homme. Mais la CIA et la mafia sont déjà lancées à ses trousses.