En 1994, Minkey, le chimpanzé espion, libérait son partenaire humain Mike, détenu par des terroristes. Mike préfèrait alors abandonner le dangereux métier d'agent secret pour s'occuper de sa fille Amélia tandis que Minkey devenait acrobate dans un cirque. Dix ans plus tard, Amelia est kidnappée par un savant fou qui veut l'obliger à révéler le secret de la foreuse laser qu'elle vient tout juste d'inventer. Afin de sauver sa fille surdouée, Mike décide de faire appel à Minkey...