Dans un avenir proche, la marine américaine a établi une base secrète dans les profondeurs de l'océan. Elle doit permettre d'explorer les fonds sous-marins afin de les coloniser et d'établir une base de missiles. Pendant l'exploration, l'équipage du Deepstar Six est attaqué. Démunis de tout moyen de communication, menacés par le manque d'oxygène, ils font une incroyable découverte : tous les extra-terrestres ne viennent pas de l'espace.