Le jour de la rentrée universitaire, Eloi et Alexandre font la connaissance d'André, l'étudiant le plus brillant de l'amphi. Fascinés par son aisance et son charisme, ils tombent rapidement sous son emprise. André leur offre alors son amitié en échange d'une totale loyauté envers lui. Eperdus d'admiration, Eloi et Alexandre se soumettent de leur mieux à cette discipline. Jusqu'au jour où André les quitte, prétextant avoir décroché une bourse d'étude aux Etats-Unis. Soudainement abandonnés, Eloi et Alexandre n'ont désormais plus d'autre choix que de grandir par eux-mêmes.
Grand prix de la Semaine de la critique à Cannes en 2006, Les Amitiés maléfiques est un film sur la violence du langage. C'est aussi une réflexion sur l'abus de pouvoir, la manipulation, la difficulté à se défaire d'une mère envahissante, ou encore l'absence des pères et la quête de leur substitut. Emmanuel Bourdieu nous fait pénétrer l'impitoyable microcosme universitaire littéraire dans une chronique dramatique de la vie étudiante, évocation de ses vieux professeurs, de ses débats passionnés et des filles vaporeuses.