Sur la Terre dans un avenir proche. Humains et Gorilles vivent en paix sous la loi des Singes dans une communauté dirigée par Cesar, un chimpanzé doué de parole, dont les parents ont jadis été assassinés. Mac Donald, le chef des humains propose une expédition au-delà du désert pour retrouver certains documents. Ils découvrent ainsi des mutants, derniers survivants d'une catastrophe nucléaire, qui se lancent à l'attaque de la Cité des Singes au moment précis où les Gorilles se révoltent...