Bronx, 1964. Sur la foi du témoignage nébuleux de la douce Soeur James, institutrice sous ses ordres, l'acariâtre Soeur Aloysius, directrice d'une école catholique, se convainc que le père Flynn entretient une relation interdite avec Donald, le premier élève afro-américain admis dans l'établissement. Ni les doutes de la jeune enseignante, ni les protestations du prêtre charismatique, aux méthodes pédagogiques radicalement opposées à celles prescrites par Soeur Aloysius, ne parviennent à détromper cette dernière. Débute alors un duel entre la directrice et le prêtre, dont l'enfant ne serait plus que le prétexte et Soeur James, le malheureux témoin.
Adaptation cinématographique de la pièce de théâtre signée également du réalisateur et dramaturge John Patrick Shanley, Doute s'appuie sur un duo d'acteurs époustouflants pour mieux traiter son sujet sulfureux : la pédophilie dans les établissements religieux. Le film laisse ainsi la part belle à la comédienne Meryl Streep, sidérante dans ce rôle de nonne bardée de certitudes et à l'immense acteur Philip Seymour Hoffman, étonnant de sobriété et d'ambiguïté. Logiquement nominés aux Oscars, les deux comédiens servent de bout en bout ce long métrage à la mise en scène à la fois austère et théâtrale, magnifiant par leur prestation hors normes ce huis-clos aussi feutré qu'impitoyable.