Le Vengeur vient d'accoster à Brest. Sur le pont, l'équipage s'affaire aux dernières tâches avant de descendre à terre. Parmi eux, Querelle, beau marin à l'immense pouvoir de séduction, ne laisse pas insensible son supérieur, le lieutenant Seblon. Dans le plus grand bouge de la ville, au milieu de la nébuleuse interlope du port, Querelle retrouve son frère Robert. D'étranges rapports de haine et d'amour lient les deux hommes. Fasciné par Lysiane, la maîtresse de Robert, Querelle doit cependant se soumettre au désir de Nono, le tenancier du bordel...
Inspiré du roman Querelle de Brest de Jean Genet, Querelle est une oeuvre envoûtante et fantasmatique, à l'image de son modèle, mise en scène par l'immense cinéaste allemand, Rainer Werner Fassbinder, dont c'est le dernier film. Filmé dans un décor aux allures de plateau de théâtre, cette oeuvre est considérée comme le film testament d'un réalisateur unique.